Trong quá trình khai hoang lập bản, làng, nhân dân Cô Ngân qua các thế hệ đã đoàn kết với nhau vượt qua mọi khó khăn thử thách, khắc nghiệt của thiên nhiên và quân thù cùng xây dựng làng xóm ngày càng trù phú. Sau này, trải qua quá trình phát triển lâu dài, các tên làng, xã được hình thành và có tên gọi riêng với những ý nghĩa khác nhau. Các bản, làng ở xã Cô Ngân thường được đặt tên theo các con suối, ngọn núi, cánh đồng quanh bản, làng. Trong xã có nhiều họ như: Nông, Đàm, Bế, Phan, Sầm, Hoàng, Hà, Lê, Lý, Triệu, Phùng, Ma, Tô, Thân, Trương, Leo, Nguyễn. Trong quá trình tồn tại và phát triển, Cô Ngân đã nhiều lần thay đổi địa giới. Đời vua Gia Long (1802- 1820), vùng đất Cô Ngân ngày nay thuộc tổng Lệnh Cấm, châu Hạ Lang, trấn Cao Bằng1 .

    Đến cuối thế kỷ XIX, thực dân Pháp nhập tổng Lệnh Cấm và tổng Vĩnh Thọ thành tổng Lệnh Cấm, thuộc châu Hạ Lang. Lúc này vùng đất Cô Ngân là 3 xã Bàn Lạc, Bắc Vọng, Văn Khu. Sau khi Cách mạng tháng Tám năm 1945 thành công, cấp tổng bị bãi bỏ, dưới tổng là các xã. Lúc này, 3 xã Bàn Lạc, Văn Khu và Bắc Vọng được sáp nhập thành xã Cô Ngân, huyện Hạ Lang, tỉnh Cao Bằng. Cô Ngân là bí danh của một nữ cán bộ hoạt động cách mạng tên là Hoàng Thị Ngân, quê xã Đề Thám, huyện Hòa An, đã anh dũng hi sinh trong cuộc kháng chiến chống Pháp. Để ghi nhớ công lao của nữ cán bộ đó, xã được đặt tên là Cô Ngân. Đến năm 19602 , các xóm Khún Đâư, Khún Noọc nhập vào xã Triệu Ẩu, huyện Phục Hòa (nay là xã Bế Văn Đàn, huyện Quảng Hòa).

    Đến năm 1969, thực hiện Quyết định số 176/CP ngày 15-9-1969 của Hội đồng Chính phủ, xã Cô Ngân cùng một số xã khác được sáp nhập vào huyện Quảng Hòa. Thực hiện Nghị quyết của Quốc hội (khóa V) ngày 27/12/1975, hai tỉnh Lạng Sơn và Cao Bằng sáp nhập  thành tỉnh mới có tên là tỉnh Cao - Lạng, trụ sở đóng tại thị xã Cao Bằng. Xã Cô Ngân cũng như nhiều xã khác của huyện Quảng Hòa, tỉnh Cao Bằng cũ đã chính thức trở thành một bộ phận hành chính của tỉnh Cao - Lạng. Ngày 29/12/1978, thực hiện Quyết định của Quốc Hội khóa VI trong kỳ họp thứ 4, tỉnh Cao - Lạng được tách trở lại thành tỉnh Lạng Sơn và Cao Bằng, xã Cô Ngân là 1 đơn vị hành chính trực thuộc huyện Quảng Hòa. Đến ngày 01-9-1981, huyện Hạ Lang được tái lập, xã Cô Ngân lại được tách từ huyện Quảng Hòa vào huyện Hạ Lang và các xóm được điều chỉnh, xóm Lũng Khún, Khuổi Khuông được tách ra sáp nhập vào xã Triệu Ẩu (huyện Phục Hòa). Đến ngày 09-9-2019, thực hiện Nghị quyết số 27/ NQ-HĐND của Hội đồng nhân dân tỉnh Cao Bằng về việc sáp nhập, đổi tên xóm, tổ dân phố, theo đó hai xóm Bản Rạc và Nà Thúng được sáp nhập thành xóm Bản Rạc Nà Thúng. Trải qua những sự thay đổi về địa giới hành chính, hiện nay xã Cô Ngân gồm có 8 xóm là: Bản Nha, Bản Nhôn, Bản Nưa, Bản Rạc Nà Thúng, Bản Luông, Bản Khúa, Bản Thưn, Bản Làng. Các xóm bản của xã Cô Ngân được hình thành trong một quá trình lịch sử lâu dài, đến nay vẫn còn lưu giữ được nhiều nét giá trị văn hóa truyền thống đặc sắc của quê hương, dân tộc